Целью программного бюджетирования является повышение социальной и экономической эффективности расходов бюджета. При этом ключевыми преимуществами программного бюджета являются повышение фискальной устойчивости и эффективности деятельности отраслевых ведомств, более тесная связь бюджета со стратегическими целями развития, связь расходов с результатами деятельности ведомств, выполняющих функции или оказывающих услуги в рамках своих полномочий. 

Плюсы программного бюджетирования заключаются в следующем:

• фокусирует бюджет на политически заданных целях социально-экономического развития;
• обеспечивает целостную стратегию не только для краткосрочного исполнения бюджета, но и для долгосрочного стратегического планирования;
• делает менеджеров программ ответственными за целевое использование подконтрольных им ресурсов;
• генерирует информацию о результативности, позволяя улучшать поставку услуг и  перераспределять ресурсы в пользу более результативных программ и возникающих приоритетов;
• повышает прозрачность бюджета и доступность для всех заинтересованных лиц.

Основными элементами программного бюджетирования являются

• видение стратегической перспективы, т.е ясные цели и задачи;
• определение приоритетности программ;
• непосредственный результат выражается через измеряемые показатели;
• подотчетность, предполагающая ответственность за достижение результатов;
• сопоставление с реальными полученными непосредственными результатами для оценки эффективности и результативности. 

Активизация процесса по внедрению программного бюджетирования в Кыргызской Республики имела место в 2011 году, когда в пилотный проект по программному бюджету были включены шесть отраслевых министерств, которые представили свои бюджеты на 2012-2014 годы по бюджетным программам и бюджетным мерам, с распределением средств по ним,   указанием  индикаторов результативности и их целевых значений. В число шести пилотных министерств были включены:

• Министерство сельского хозяйства и мелиорации Кыргызской Республики,
• Министерство транспорта и коммуникаций Кыргызской Республики;
• Министерство молодежи, труда и  занятости Кыргызской Республики;
• Министерство внутренних дел Кыргызской Республики;
• Министерство образования и науки Кыргызской Республики;
• Министерство здравоохранения Кыргызской Республики.

При этом в Бюджетном циркуляре по составлению бюджетов на программной основе определены требования к программным бюджетам, включающие взаимосвязь с национальными и секторальными приоритетами. При этом рекомендовано определять целевые значения  индикаторов в зависимости от имеющихся ресурсов. Величину расходов по программам и мерам рассчитать, исходя из действующей системы управления и финансирования расходов на содержание существующих госорганов и сети подведомственных учреждений. 

В 2012 году, в продолжение работ по внедрению программного бюджетирования, Министерством финансов была подготовлена пошаговая инструкция по подготовке бюджетов в программном формате, предприняты меры по повышению потенциала специалистов министерств и ведомств путем проведения тренингов и семинаров по программному бюджетированию, расширен список министерств и ведомств, представляющих бюджеты на 2013-2015 годы в программном формате с 6 до 15:

• Министерство юстиции Кыргызской Республики;
• Министерство финансов Кыргызской Республики;
• Министерство образования и науки Кыргызской Республики;
• Фонд обязательного медицинского страхования при Правительстве КР;
• Министерство здравоохранения Кыргызской Республики;
• Министерство сельского хозяйства и мелиорации Кыргызской Республики;
• Министерство энергетики и промышленности Кыргызской Республики;
• Министерство транспорта и коммуникаций Кыргызской Республики;
• Министерство культуры и туризма Кыргызской Республики;
• Министерство чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики;
• Государственная налоговая служба при Правительстве КР;
• Государственная таможенная служба при Правительстве КР;
• Государственное агентство связи при Правительстве КР;
• Министерство молодежи, труда и занятости Кыргызской Республики ;
• Национальный статистический комитет Кыргызской Республики. 

В целях усиления взаимосвязи бюджета со стратегическими  приоритетами, ежегодно  расширяется список министерств и ведомств, представляющих бюджеты в программном формате. Так, при подготовке проекта бюджета на 2014-2016 годы,  список министерств и ведомств, представивших бюджеты в программном формате, был расширен с 15 до 28.  При этом расходы бюджета представлены в программном формате на 60 %. В программном формате представлены практически все крупные бюджетополучатели, за исключением силовых ведомств.

• Министерство юстиции Кыргызской Республики;
• Министерство финансов Кыргызской Республики;
• Министерство образования и науки Кыргызской Республики;
• Фонд обязательного медицинского страхования при Правительстве КР;
• Министерство здравоохранения Кыргызской Республики;
• Министерство сельского хозяйства и мелиорации Кыргызской Республики;
• Министерство энергетики и промышленности Кыргызской Республики;
• Министерство транспорта и коммуникаций Кыргызской Республики;
• Министерство культуры, информации и туризма Кыргызской Республики;
• Министерство чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики;
• Государственная налоговая служба при Правительстве КР;
• Государственная таможенная служба при Правительстве КР;
• Министерство труда, миграции и молодежи Кыргызской Республики;
• Национальный статистический комитет Кыргызской Республики;
• Министерство иностранных дел Кыргызской Республики;
• Министерство экономики Кыргызской Республики;
• Министерство социального развития Кыргызской Республики;
• Государственное агентство охраны окружающей среды и лесного хозяйства при Правительстве КР;
• Государственная регистрационная служба при Правительстве КР;
• Государственная инспекция по экологической и технической безопасности при ПКР;
• Государственное агентство  по геологии и минеральным ресурсам при ПКР;
• Государственное агентство физической культуры и спорта при ПКР;
• Государственная кадровая служба КР;
• Государственная инспекция  ветеринарной и фитосанитарной безопасности при ПКР;
• Фонд по управлению государственным имуществом при ПКР;
• Фонд государственных материальных резервов при ПКР;
• Национальная академия наук КР;
• Телерадиовещательные компании. 

На сегодняшний день разработаны методические руководства по бюджетированию на программной основе для использования как на уровне Министерства финансов, так и на уровне отраслевых министерств, такие как:

• Бюджетный циркуляр по составлению бюджета на программной основе;
• Инструкция по определению индикаторов результативности  для целей бюджетирования на программной основе;
• Методическое руководство по разработке Среднесрочных стратегий бюджетных расходов далее – ССБР) в рамках Среднесрочного прогноза бюджета;
• Инструкция о порядке формирования и представления отчета о достижении индикаторов результативности по бюджетным программам и бюджетным мерам государственных органов КР.