Основной задачей Учебного центра МФ КР является обучение, переподготовка и повышение квалификации работников системы Министерства финансов, работников сектора государственного управления и органов местного самоуправления по вопросам управления государственными закупками, эффективного управления государственными финансами, международных стандартов финансовой отчетности,  системы внутреннего аудита в государственном секторе и бухгалтерского учета и финансовой отчетности в системе государственного управления.

Обучение слушателей проводится по учебным планам и программам, составленным совместно с начальниками управлений, отделов и структурными, подведомственными подразделениями Министерства финансов. Языки обучения: кыргызский, русский в зависимости от запросов слушателей. Продолжительность обучения определяется учебными планами, согласуется с начальниками управлений, утверждается директором Учебного центра  Министерства финансов. Учебный Центр для осуществления учебного процесса привлекает преподавателей ВУЗов, специалистов из центрального аппарата Министерства финансов и других министерств, ведомств на условиях почасовой оплаты и совместительства. Слушатели, прошедшие обучение и переподготовку в Учебном центре, получают сертификат установленного образца.